主人公の範馬刃牙（13才）は、ケンカでは向かうところ敵なしの中学生。 今日も100人相手の喧嘩に挑む。しかしリーダー格の2人をあっさり下したものの、37人目を倒したところで力尽きてしまう。翌日顔に傷を残したまま、母・朱沢江珠があてがう超一流のトレーニングを「100人相手の喧嘩にすら勝てないトレーニングなんて！」と否定する。 刃牙が求めているのは、地上最強と呼ばれる父・勇次郎に近づくこと、すなわち強い男との実践なのだ！ そんな時、世界Jr.ウェルター級チャンピオン、ユリー・チャコフスキーの姿を目にする。 世界のプロボクシングにおいて全階級制覇という偉業を目指すユリー・チャコフスキーはジムにて彼のトレーナーの指示通り、トレーニングメニューをこなしていた。その光景を目にした刃牙は、スパーリングの相手になるとユリーに宣言し、ユリーは受けた。 その頃とある埠頭に栗谷川を乗せた花山組の車が到着する。状況をうまく飲み込めない様子の栗谷川に花山組の幹部木崎が「組織同士の抗争ののケリは、代表同士がつけるのが最近のスタイルだ」と説明する。そこには抗争相手の矢島組と、雇われたプロボクサーで世界的に有名なトミーカービンの姿があった。 そこへ花山組組長花山薫が姿をみせた･･･。一方、世界チャンピオンユリーの強烈なパンチを浴び、意識を失いかけた刃牙は自分の弱さを認め、更なる鍛錬の準備を始めていた･･･。 世界Jr.ウェルター級チャンピオン、ユリー・チャコフスキーにスパーリングで敗れた刃牙は、瞬発力・持久力・技術の全てのレベルアップをはかる為、山篭りを決意し、岐阜県の飛騨山脈へと一人向かう。 そこにはケタ違いの強さを持つ魔猿・夜叉猿がいた。刃牙は父・勇次郎の旧友で山岳隊員・安藤玲一のもとを訪れ、夜叉猿の待つ夜叉岩への案内を頼む。安藤の必死の制止も全く耳を貸さず夜叉岩へ向かう刃牙。そしてついに背後に巨大な夜叉猿がその姿を現した･･･。 ユリーに敗けた刃牙は、自分を一から鍛えなおす為、飛騨山脈に住む伝説の魔猿・夜叉猿との戦いを決意する。 だが、今の刃牙には無力すぎ、夜叉猿との始めての対決は逃げるだけの結果になってしまう。そこで初めて感じる恐怖に動揺する刃牙だが、いつまでもじっとしてはいなかった。 「こんな所で止まっていられない」 飛騨山脈での3ヶ月の猛特訓の末、かつて父から教わった格闘家に必要とされる資質を目覚めさせた刃牙。再び、夜叉猿との戦いに向かう。そして超雄同士の決戦が始まる･･･。 飛騨山脈での修行、夜叉猿との死闘を終えて一回り大きく成長した刃牙は再び東京へと戻る。 成長した刃牙を見た母・朱沢江珠は、ボクシングチャンピオン、ユリーと戦うことを望むが、飛騨山脈での出来事を乗り越えてきた刃牙にとってユリーは、求めていた最強の対戦者ではなくなっていた。 そして事件が起こる。喧嘩師・花山薫がユリーに奇襲をしかけ、戦いの火蓋は切って落とされる。 朱沢江珠から刃牙との対戦依頼を受けたユリーと花山、15歳にして日本一の喧嘩師となった花山は自分が最強だと信じてユリーに襲いかかりそのすさまじい強さを示す。この事件に刃牙も動く。 花山の事務所に単身乗り込み花山を本気にさせる。そして、今、最強を求める2人の壮絶な死闘が始まった。 ついに始まった刃牙と喧嘩師・花山薫との戦い。圧倒的なパワーで襲いかかる花山を前にして、刃牙は限界を超える闘志で反撃に出る。 そして刃牙の攻撃が決まったその時、花山の背中から異様な刺青があらわになる。なおも攻撃を仕掛ける刃牙に対し花山は、ユリーの腕を破壊した荒技・握撃を仕掛けようと、刃牙に襲いかかる。 喧嘩師・花山薫との死闘に決着がついたその時、地上最強の生物と呼ばれる父・範馬勇次郎が現れ、壮絶な戦いを繰り広げた2人に対して、「始まったばかりだ。」と告げる。 地上最強の生物・勇次郎にとっては2人の壮絶な戦いもまだまだ甘いのである。 はかり知れない強さを秘める父に対し刃牙の闘志には激しい炎が宿り始める。